Na Arquitetura Organizacional da Anahp existem três grandes programas: Estratégico, Inovação e Gestão e Relações Corporativas que são operacionalizados por grupos de trabalho específicos. Participam destes grupos membros da administração, conselheiros e, principalmente, representantes indicados dos hospitais membros, agregando valor às atividades da Anahp, em um trabalho de espírito associativo. Os Programas da Associação são compostos e organizados por Grupos de Trabalho e monitorados pelos membros do Conselho de Administração.